有些得了脓肿的患者由于特殊原因（如凝血功能障碍、血小板减少症、长期服用抗凝剂、肾功能不全或年老体弱等）暂时不能采用手术方法进行治疗，或者脓肿初期尚未化脓时可用药物保守治疗。目前保守疗法一般采用中西药坐浴（中药如祛毒汤、西药如高锰酸钾）、外敷消肿药膏（中药为如意金黄膏、西药鱼石脂软膏，每日外敷肿块2次以上）、口服中药或补液抗感染治疗等。

中医对本病早有认识，如《黄帝内经·灵枢·痈疽》说：“痈疽发于尻，名曰锐疽，其状赤尖大，急治之，不治三十日死矣。”“尻（kao）”是臀部的意思。从文献记载，“锐疽”是中医最早的有关肛门直肠周围脓肿的病名。宋朝，我国首次将脓肿命名为“痈”。明代《外科精要》中明确了治疗脓肿的原则与方法，确立了本病的初期给予消散，成脓期予以托毒外出，脓成后予以及时排脓，排脓后予以补益托毒的基本原则。明代以后，对本病的认识进一步深入，并注意肛门功能的保护。如清代《辨证录》：“肛门之肉，不比他处之肉，肛门之皮，不比他处之皮，此处之皮有纵有横，最难生合，况大便不时出入”。这一时期，中医对本病的症状、病势发展、预后的观察也较前更为细致深入。

中医认为应根据患者的病程、体质、年龄、性别等进行辨证治疗。初发期脓肿尚未形成，治疗应以消散为主，使脓肿消散于无形。如果红、肿、热、痛明显，发病较急，给予清热解毒、活血消肿治疗；如果起病缓慢，患者体质虚弱，局部红肿热痛不明显，则给予补阳散寒、宣通气血或滋阴除湿治疗。酿脓期中医认为热盛肉腐，肉腐成脓，应给予托毒透脓。溃脓期指脓肿自行破溃或手术切开排脓后，宜补托排脓，生肌散痈，使机体气血旺盛，有助于创面恢复。

现代医学认为，脓肿应抗感染及对症治疗。早期应根据不同的致病菌给予敏感的抗生素抗感染治疗。临床证实，大部分抗生素对各种肛周脓肿的致病菌有较好的敏感性。如氨基苷类对大肠埃希菌敏感，而对厌氧菌不够敏感；甲硝唑、利福平等药物对厌氧菌有较好的抑制作用；如果脓肿为多种菌混合感染，应给予联合应用抗生素，如庆大霉素或链霉素等与甲硝唑配合应用以加强抗感染效果。如果结核菌感染还必须配合抗结核药物治疗。脓肿溃破后，可给予补充相应的维生素、或静脉补充营养液等。

当然，中医与西医思路并不违背，如果中西医结合治疗脓肿早期，对抑制病情的发展，减轻患者的痛苦更有帮助。但如果中西药还不能控制症状，疾病还在加重，甚至影响小便时，则必须进行手术治疗。