一般来说，肛瘘分为低位肛瘘和高位肛瘘两大类，低位肛瘘又分为低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘；高位肛瘘又分为高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘。

低位单纯性肛瘘是指只有一个内口、一个外口、一个索条（瘘道）而言；低位复杂性肛瘘是指肛门周围有两处以上外口，或两处以上瘘道；高位单纯性肛瘘是指有一个内口、一个外口、一个瘘道而言；高位复杂性肛瘘是指肛门周围有两处以上外口，或两处以上瘘道。那么高位肛瘘和低位肛瘘是如何界定的呢？在医学专业中，一般是按瘘管的走行途径是否超过外括约肌深部而言，凡是瘘管没有超过外括约肌深部的统称为低位肛瘘，反之则为高位肛瘘。在人体的直肠肛门末端存在着内括约肌和外括约肌，内括约肌属于肠道末端平滑肌增厚部分，外括约肌分为皮下部、浅部、深部，它们由下而上包绕内括约肌，内外括约肌具有协调功能，能够有效保证肛门的正常功能，防止大便失禁。瘘管一般穿行于皮下部以下，皮下部与浅部之间，浅部与深部之间（前三种为低位瘘）；深部以上，直肠黏膜下瘘，肛提肌以上瘘（后三种为高位瘘）。如下图所示。

有一定医学常识的患者只知道自己有肛瘘，但最终分类方法需由专业医生分类。一般来说，瘘管越低，越简单，相对愈合快，手术风险小；瘘管越高，越复杂，相对愈合慢，手术风险加大。如果不能将坏死灶（包括内口）彻底清理干净，极易复发。

检查方法：目前对肛瘘的检查最简单的是医生通过触诊触摸瘘管的深浅、走行、索条是否弯曲、内口位置，对肛瘘有一个大致判断。一般来说，瘘管越浅，索条越明显，反之瘘管越深，索条越不明显，需借助探针、B超甚至核磁检查。探针是临床中探寻肛瘘非常有效的工具。一般探查时从外口沿索条探查内口位置，当从内口探出时，说明探针检查有效，如下图所示。

如果不能顺利探查说明瘘管位置较深或弯曲，这时就不要盲目探查了。对于肛瘘的检查现在采用肛周B超检查也是非常有效的，通过B超的影像能够判定肛周是否曾经有感染，目前是否存在瘘管管腔，但是对于特别复杂的肛瘘，比如说瘘管已经超过了肛提肌以上，则需借助核磁的三维定位检查来准确判定瘘管的走行位置，三维指的是从额状面断层扫描（人体正面）、矢状面（人体侧面）、横断面三个部位进行逐帧扫描以便发现瘘管的准确位置。对于反复发作的肛瘘或曾经多次手术的肛瘘务必要谨慎，一定将瘘管定位清楚再进行手术，否则可能因为遗漏感染内口或深部隐藏的瘘管而导致手术失败。

当然，如果肛瘘长久不愈，患者又出现近期消瘦、贫血、低热或瘘管突然脓液增多、突然疼痛加重，则必须尽快住院并进行相关检查，以便明确是否有结核感染，是否继发感染甚至是否有癌变倾向，这时还需必要的生化和病理检查。临床中也不排除一种很罕见的肛瘘伴有明显的腹泻，必要时需要做全结肠镜检查，以排除克罗恩病。总之，瘘管不能自愈，有病尽早检查治疗。