肛窦与肛腺相连，属于人体正常解剖组织。

但当饮酒、过食辛辣等会引起肛窦发炎。如果肛窦炎经过及时治疗可以阻止疾病进一步发展。如果病情进一步变坏，肛窦炎完全可能通过淋巴通道将感染扩散至肛周间隙、血管壁或括约肌等处。因此，肛腺在肛门直肠感染中的作用，一直为人们所关注，它在外科学上的重要性在于它是感染侵入肛周组织的门户。

据有关专家证实，约95%的肛周感染均起源于肛腺感染（肛窦感染）。最初，病原菌经肛窦沿肛腺导管穿内括约肌入内外括约肌之间的肛腺，引起肛腺感染，由于肛腺内酸性液的作用使炎症加重，因炎症的刺激，促进腺细胞分泌黏蛋白，黏蛋白的分泌结果又促进炎症的加重，形成肛腺脓肿，开始脓液可经腺管排出，但这种过程反复多次后，将造成腺管的粘连与闭塞，脓液无法从腺管排出，便向四周溃破，最后形成不同部位的肛门直肠周围脓肿。

以上经过肛窦来源而形成的脓肿又称为肠源性脓肿，其致病菌包括链球杆菌、类杆菌属、梭状芽孢杆菌属、大肠埃希菌属和其他革兰氏厌氧菌，尤其厌氧菌引起的感染最严重。

另有约5%的患者由皮肤源性细菌感染或血行感染所致。

皮肤源性细菌感染的致病菌包括化脓性金黄色葡萄球菌、类白喉杆菌、凝血酶阳性葡萄球菌等；血行感染所致的脓肿是肛周间隙内血液循环较差，局部抵抗力降低所致，常见于糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等由于全身虚弱，抗感染能力低下的患者。无论是皮肤源性细菌感染或血行感染所致的脓肿均没有内口，即脓肿不是从直肠肛窦感染所致。

现在已经证实，肛周脓肿的高发与人类的性激素和免疫力具有很大关系。因绝大多数肛周脓肿多与肛腺感染有关，故其发病率也随之升高或降低。

新生儿在一段时间内雄激素的水平较高，其来源主要由母体获得，所以脂腺特别发达，一旦遇感染因素（如腹泻等），新生儿易患脓肿。随着新生儿的发育成长，一过性旺盛的雄激素水平发生生理性下降，一过性发达的肛腺萎缩，因此，儿童至青春期的肛周脓肿少见。到了青春期，体内性激素开始活跃，肛腺开始发育、增生，分泌旺盛，一旦因腹泻、大量饮酒、过食辛辣等刺激肛腺，造成肛腺液排出不畅，则容易引起脓肿发生。

所以，临床肛周脓肿发病多在20～40岁青壮年。进入老年雄激素水平下降，肛腺随之萎缩，脓肿发病率明显降低。

从免疫学角度看，由于肛门直肠黏膜的局部免疫结构未成熟，肛隐窝易感性增加，所以出生3个月以内婴儿易于患病。另外，正常情况下，肛隐窝内含有肛腺分泌的黏液，其中含有大量的多糖体和IgA，当黏膜绒毛机能不全或腹泻使局部黏液减少，局部防御能力降低，肛腺易感性增强，脓肿发病率随之升高。